各機關應由文書單位負責辦理機關公文電子交換作業。但依公文性質、行文對象及時效，有適當控管程序者，不在此限。
第7條
機關公文電子交換作業發文處理程序及應注意事項如下：
一、公文於電子交換前應先校對無誤，經列印者並得做成抄本（件），併同原稿退件或歸檔。
二、發文作業人員應輸入識別碼、通行碼或其他識別方式，於電腦系統確認相符後，始可進行發文作業。
三、檢視電腦系統已發送之訊息。
四、行文單位兼有電子交換及非電子交換者，應列示其清單，以資識別。
五、電子交換後，得於公文原稿標明「已電子交換」戳記，並辦理歸檔。
六、透過電子交換之公文，至遲應於次日在電腦系統檢視發送結果，並為必要之處理。發文機關得視需要，將所傳遞公文及發送紀錄予以存證。
--99年5月11日修正前條文--
機關公文電子交換作業發文處理程序及應注意事項如下：
一、公文於電子交換前應列印全文，並校對無誤後做為抄件。
二、發文作業人員應輸入識別碼、通行碼或其他識別方式，於電腦系統確認相符後，始可進行發文作業。
三、檢視電腦系統已發送之訊息。
四、行文單位兼有電子交換及非電子交換者，應列示其清單，以資識別。
五、電子交換後，得於公文原稿加蓋「已電子交換」戳記，並將抄件併同原稿退件或歸檔。
六、透過電子交換之公文，至遲應於次日在電腦系統檢視發送結果，並為必要之處理。發文機關得視需要，將所傳遞公文及發送紀錄予以存證。
第一項第五款之章戳，由各機關自行刊刻。
第8條
機關公文電子交換作業收文處理程序及應注意事項如下：
一、收文作業人員應輸入識別碼、通行碼或其他識別方式，於電腦系統確認相符後，即時或定時進行收文作業。
二、收受公文經列印者，應由收文方之電腦系統加印頁碼及騎縫標識，並得標明電子公文，按收文處理作業程序辦理。
三、來文誤送或疏漏者，通知原發文機關另為處理。
--99年5月11日修正前條文--
機關公文電子交換作業收文處理程序及應注意事項如下：
一、收文作業人員應輸入識別碼、通行碼或其他識別方式，於電腦系統確認相符後，即時或定時進行收文作業。
二、列印收受之公文，同時由收文方之電腦系統加印頁碼及騎縫標識，並得由收文方標明電子公文，按收文處理作業程序辦理。
三、來文誤送或疏漏者，通知原發文機關另為處理。
第9條
機關公文電子交換之收、發文程序，應採電子認證方式處理，並得視需要增加其他安全管制措施。
第10條
機關公文電子交換之管理事項，由行政院指定機關辦理。
第11條
各機關辦理機關公文電子交換事宜，其電腦化作業應依行政院訂頒之相關規定行之。
第12條
各機關為配合實際業務需要，得依本辦法及有關規定，自行訂定機關公文電子交換作業要點。
第13條
受文者為人民、法人或其他非法人團體之機關公文，以電子交換行之者，得不適用
第六條至第八條之規定，由各機關依其業務需要另定之。
--99年5月11日修正前條文--
受文者為人民之機關公文，以電子交換行之者，得不適用
第六條至第八條之規定，由各機關依其業務需要另定之。
第14條
本辦法之規定，於公營事業機構及公立學校準用之。
第15條
本辦法自發布日施行。
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