航政機關辦理船舶運送業經營特定航線，應公告補償內容、作業時程、補償金額之核給、監督考核方式及所需書表文件等相關事項。
　　船舶運送業應依前項規定，於公告期限內提出申請表（附件一）、成本分析表（附件二）及補償金額概算表（附件三），送交航政機關審查。經依第一項公告，而有下列情形之一者，航政機關得逕予指定船舶運送業經營特定航線：
　　一、無船舶運送業提出申請。
　　二、經審查結果，無審查合格之船舶運送業。
　　前項受指定之船舶運送業經營特定航線，應於指定函送達日起十日內提出第二項之書表文件，作為執行疏運任務之補償金額核算基礎，逾期未提出，航政機關得逕予核算補償金額。

　　航政機關辦理船舶運送業經營特定航線，應公告補償內容、作業時程、補償金額之核給、監督考核方式及所需書表文件等相關事項。
　　船舶運送業應依前項規定，於公告期限內提出申請表（附件一）、成本分析表（附件二）及補償金額概算表（附件三），送交航政機關審查，評定優先順序。

　　受指定之船舶運送業經營特定航線客貨運送，所受之營運損失補償範圍如下：
　　一、自接獲通知後調派所屬船舶，自船舶所在港口航行至指定航線端點港口，及完成特定航線最後一航次，自所在港口航行返回船舶原所在港口所產生之成本。
　　二、經營特定航線之補償金額，以每航次浬合理營運成本計算之。
　　三、完成運送旅客至目的港後，協助接駁至當地高鐵、機場及鐵公路轉運中心之費用。
　　四、經營特定航線客貨運送，致無法執行原本經營固定航線或不定期航線，所產生之合理利潤損失。
　　五、配合執行至指定航線港口演練，所產生之費用。
　　六、其他經營特定航線產生之費用。
　　前項第四款之合理利潤損失應依航政機關要求提交會計師製作之補償評估報告（附件四）及相關佐證資料如下：
　　一、前一年航線別之營運年報表、營運月報表。
　　二、會計師簽證之資產負債表、損益表、現金流量表、股東權益變動表。
　　三、不定期航線之租船契（合）約。
　　四、其他航政機關要求之相關佐證資料。

　　受指定之船舶運送業經營特定航線客貨運送，所受之營運損失補償範圍如下：
　　一、自接獲通知後調派所屬船舶，自船舶所在港口航行至指定航線端點港口，及完成特定航線最後一航次，自所在港口航行返回船舶原所在港口所產生之成本。
　　二、經營特定航線之補償金額，以每航次浬合理營運成本計算之。
　　三、完成運送旅客至目的港後，協助接駁至當地高鐵、機場及鐵公路轉運中心之費用。
　　四、經營特定航線客貨運送，致無法執行原本經營固定航線或不定期航線，所產生之合理利潤損失。
　　五、其他經營特定航線產生之費用。
　　前項第四款之合理利潤損失應依航政機關要求提交會計師製作之補償評估報告（附件四）及相關佐證資料如下：
　　一、前一年航線別之營運年報表、營運月報表。
　　二、會計師簽證之資產負債表、損益表、現金流量表、股東權益變動表。
　　三、不定期航線之租船契（合）約。
　　四、其他航政機關要求之相關佐證資料。

　　航政機關得派員監督考核營運計畫之執行情形，船舶運送業未依營運計畫執行者，得扣減撥發補償款。
　　船舶運送業依第三條第二項規定，於公告期限內提出申請者，航政機關得依實際疏運情形酌發補償金額百分之一至五作為獎勵金；其配合本辦法之辦理情形，得列為年度績優船舶運送業表揚審核之參考依據。

　　航政機關得派員監督考核營運計畫之執行情形，船舶運送業未依營運計畫執行者，得扣減撥發補償款。
　　船舶運送業配合本辦法之辦理情形列為年度績優船舶運送業表揚審核之參考依據。

　　航政機關得邀集機關代表、學者專家或社會公正人士，辦理指定船舶運送業經營特定航線客貨運送補償及監督事宜。

　　航政機關為辦理指定船舶運送業經營特定航線客貨運送補償及監督事宜，得邀集機關代表、學者專家或社會公正人士，辦理審查事宜。